Sin embargo el costo de este proyecto, que bordeaba los 400 millones de pesos, generó una gran polémica en su momento. Mucha gente se opuso y también el concejo municipal, que rechazó la propuesta.

Las 15 mega banderas para conmemorar los 200 años de independencia del país, fue uno de los proyectos más polémico del Bicentenario. La iniciativa provocó serias críticas, por la gran inversión que requería en medio del proceso de reconstrucción post terremoto del 27 de febrero.

La iniciativa se financiaría con fondos sectoriales del MOP en cada región. Sin embargo, con el paso del tiempo, las autoridades nacionales decidieron traspasar la responsabilidad de la ejecución a las autoridades regionales, de continuar adelante o no con este proyecto.

En Punta Arenas, fue el concejo municipal el que rechazó, de forma unánime y en dos ocasiones la instalación del símbolo patrio, argumentando el alto costo del proyecto.

El director regional de Arquitectura, Jorge Cortés, dijo que el contrato “zona sur” de la bandera Bicentenario “se encuentra vigente, pero en lo que respecta a la etapa de la bandera para la Región de Magallanes, la dirección nacional de Arquitectura, por temas contractuales y por no afectar los avances del contrato que fue adjudicado a la empresa Bravo Izquierdo, tomó la determinación de disminuir el contrato de obra, rebajando de la ejecución lo que es la bandera de la Región de Magallanes. Por lo tanto hoy en día, el contrato ya no cuenta con la etapa de ejecución en esta zona del país”.

Sin embargo, el director de Arquitectura dijo que están a la espera de que se logre un consenso en la comunidad para ver si existe realmente interés de instalar la bandera Bicentenario o de lo contrario postular otra iniciativa.