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Columna de opinión

Metagenómica, metatranscriptómica, ¿meta… qué?

opinion
08/07/2022 a las 18:22
Periodista Web 3
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Manuel Ochoa-Sánchez, Estudiante de Doctorado UNAM-México / Fundación CEQUA

Desde la dilucidación de la estructura de doble hélice del ácido desoxirribonucleico (ADN) en 1953 por James Watson y Francis Crick, el mundo de la biología molecular ha tenido un progreso vertiginoso. Como en el resto de los campos científicos, la biología molecular ha estado supeditada al ritmo del progreso tecnológico. Década tras década, el desarrollo de nuevas tecnologías ha permitido ampliar nuestra comprensión sobre la naturaleza molecular de la vida, ¡no obstante nuestra comprensión apenas está en su infancia! Actualmente reconocemos con claridad que la presencia del ADN es común a todas las especies, desde las ballenas hasta los microbios. En este espacio, describiremos y resaltaremos la importancia de dos de las aproximaciones más útiles en el estudio de las comunidades microbianas: la metagenómica y la metatranscriptómica. La mayoría de los microbios requieren condiciones especiales para existir, ya sea porque necesitan la interacción con otros microbios o porque requieren ambientes muy específicos. La existencia de estos microbios fue notada gracias al progreso en los métodos moleculares, los que también permitieron reconocer que la diversidad microbiana en su mayoría no es cultivable. Con estos progresos se han extraído todos los genes (metagenómica) o transcritos (metatranscriptomica) presentes en una muestra. Esto nos ha permitido estudiar las comunidades microbianas que habitan en el agua de mar, en el sedimento marino o en la piel de las ballenas, por ejemplos. En este punto hagamos una aclaración al lector, definiendo qué es un gen y un transcrito. Podríamos conceptualizar un gen, como un fragmento informativo, susceptible de ser leído y producir efectos metabólicos (generados por proteínas). Un ejemplo es la insulina, una proteína que comunica a las células la necesidad de ingresar azúcar proveniente de la sangre en su interior. Sin embargo, los genes no se convierten en proteínas directamente. El gen es la forma por excelencia de almacenamiento de información biológica, sin embargo, se necesita una copia efímera que pueda ser leída para crear la proteína. Ahí entra el transcrito (o producto de la síntesis de ARN mensajero), el cual se trata de una copia de un gen que será utilizado por la célula para crear una proteína, como la de la insulina. Entonces, hay un gen, un transcrito y una proteína de la insulina. ¡Y como la insulina, incontables genes, transcritos y proteínas en el mundo! Estudiar los genes y transcritos de los microbios nos ayuda a comprender por un lado el repertorio funcional que existe (genes) y por otro, las funciones desplegadas ante condiciones particulares (transcritos). Estas aproximaciones son muy relevantes, pues nos permiten estudiar la biodiversidad que guardan los creadores del metabolismo: las bacterias. En las bacterias se encuentran infinidad de funciones que podrían ayudarnos a la biorremediación de catástrofes naturales, como los derrames de petróleo, o para diseñar estrategias biológicas para el reciclaje integral de nuestros desechos, como los plásticos. Adicionalmente, estudiar los transcritos presentes en la comunidad bacteriana nos puede ayudar a comprender los mecanismos que utilizan los microbios patógenos para infectar, o en su caso, los mecanismos que utilizan para establecer sus alianzas con otros organismos. En el Centro de investigación regional Cequa estamos usando ambas aproximaciones para el estudio de las comunidades microbianas de diferentes especies interrelacionadas tróficamente que habitan el Área Marina Protegida Francisco Coloane y aguas adyacentes. Nuestro objetivo general es determinar si la comunidad microbiana de la superficie de estas especies está evidenciando cambios (en sus genes o en sus transcritos) ante las modificaciones ambientales derivada del calentamiento global. Los microbios son un excelente sistema de estudio, pues son sensibles a los cambios, por sutiles que sean, en consecuencia, responden con la suficiente rapidez como para notar respuestas concretas en poco tiempo.

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