La lista de problemas que ha traído el sistema parece interminable. Por un lado aparece la segregación, por otro el millonario déficit que golpea a las corporaciones municipales de todas las comunas del país.
En el año 2004 el entonces administrador de la Cormupa, Oscar Vargas Zec, proyectó un déficit de $ 400 millones. Una auditoría de 2009 arrojó un déficit de $ 2 mil 020 millones. Hoy se estima que ya alcanza a los $ 4 mil millones.