Desde inicios del 2012, e incluso años antes, cuando la universidad tuvo que cerrar la carrera de perito forense, que no tenía cabida laboral en el país, la casa de estudios autónoma se ha visto envuelta en una serie de irregularidades, entre ellas la denuncia de cohecho interpuesta al ex rector Héctor Zúñiga, por la cual este sábado fue formalizado (en el Octavo Juzgado de Garantía de la capital) junto al ex presidente de la Comisión Nacional de Acreditación, Luis Eugenio Díaz (más antecedentes Diario El Pingüino).