
El ecosistema existente en la isla es similar al que se desarrolla en Isla Magdalena, administrada por la Corporación Nacional Forestal (Conaf), bajo la categoría de monumento nacional.
En la Isla Contramaestre habita una importante colonia de pingüinos magallánicos y de cormoranes imperiales, que junto a otras aves constituyen una rica fauna marina. La geografía se caracteriza por un paisaje de estepa, gramíneas y algunos matorrales que sirven de refugio y ayudan al poblamiento de los plumíferos.
La seremi de Bienes Nacionales María Luisa Ojeda, Marlys Guzmán a cargo de la Unidad de Bienes y personal de la Conaf sobrevolaron el lugar a bordo de un helicóptero de la Fuerza Aérea de Chile (Fach), constatando la existencia de importante fauna marina constituida fundamentalmente por aves, típica de nuestro litoral en la zona del extremo sur.
Ojeda manifestó que “como conclusión de la visita se realizará una mesa de trabajo multisectorial para resolver su auto destinación o su anexión al Monumento Nacional Isla Magdalena. Paralelo a ello, se gestionará con la Fuerza Aérea Chile la desafectación de este inmueble para poner fin a la destinación actual, que recae en la unidad castrense”.
La idea de poner bajo protección el ecosistema del paraje magallánico nace luego de una reunión del Comité Regional de Biodiversidad de la Comisión Nacional del Medio Ambiente (Conama), en donde se planteó la posibilidad de proteger dicha isla dado que cuenta con importantes recursos naturales.