La nueva repartición cuenta con espaciosos sectores de habitabilidad tanto para Oficiales como para el personal de Gente de Mar. Incluso ya está disponible el edificio que en un futuro albergará al personal femenino, además se consideró un oratorio y una oficina para el Capellán de la zona, cómodos comedores, baños y vestidores para hombres y mujeres, Casino de Oficiales, amplia guardia para recibir a todo aquel que ingrese a la Base, pañoles para todas las reparticiones que se instalen en la base, diversos talleres de carpintería, gasfitería y soldadura, enfermería, helipuerto y un gimnasio provisorio; pues la segunda fase del proyecto contempla la construcción de un área deportiva que considera al menos una multicancha, sala de musculación y piscina; con el fin de fomentar la vida saludable de todos aquellos que prestan servicios en la Tercera Zona Naval.
Estas obras son el resultado de un año de intenso trabajo de construcción y remodelación cuyo principal objetivo fue, a través del “Proyecto Prusia”, desocupar los terrenos del borde costero del sector Loreto para permitir la continuidad de la Costanera del Estrecho entre calles José Menéndez y Errázuriz. y, a su vez, concentrar en un solo lugar las principales instalaciones logísticas de la Tercera Zona Naval; transformando así las antiguas instalaciones de ENAP Tres Puentes en modernos y amplios edificios; que hoy albergan al Grupo de Apoyo del Comando de Misileras Sur, al Centro de Telecomunicaciones Navales, al Centro de Abastecimiento de Magallanes, al Departamento de Obras y Construcciones, al Centro de Transporte Terrestre, a la Partida de Salvataje, a la Guarnición IM de Orden y Seguridad, a la Panadería Naval y el Cuartel Base.