El Consejo tendrá por finalidad representar los intereses y las necesidades de los pueblos indígenas entre las que destacan: participar tanto en el diseño de la propuesta de la política nacional indígena como en su evaluación; elaborar anualmente un informe sobre la situación de los derechos de los pueblos indígenas y representarlos en los procesos de consulta de carácter nacional iniciados por los organismos del Estado.
Asimismo, tendrá como misión proponer la elaboración de planes y programas destinados al desarrollo económico, social y cultural de los pueblos indígenas y aprobar las traducciones a lengua indígena que los organismos del Estado realicen a diversos documentos, entre otras.
El Consejo estará integrado por 43 consejeros, elegidos por los distintos pueblos indígenas, en proporción a sus integrantes. Tratándose del pueblo mapuche, se establece además un componente regional en su elección.