Las fallidas tratativas con los dirigentes dejaron en evidencia tensiones al interior del equipo mandatado por La Moneda y que lideraba el ministro Alvarez. La oficina de Pilar Cuevas en la Intendencia de Coyhaique -a un costado de la plaza- se transformó en el centro de operaciones de las autoridades del gobierno central que se trasladaron a la XI Región.
Desde ahí, el ministro de Energía, Rodrigo Alvarez, y el subsecretario de la Presidencia, Claudio Alvarado, acordaban con La Moneda los cursos de acción a seguir, en una negociación que no estuvo exenta de tensiones entre ambos.
Según cercanos a Alvarez, antes de su primer traslado a la zona, el 29 de febrero, las instrucciones que había recibido daban cuenta de que el rol del ministro se limitaría a sellar un acuerdo que ya estaba en marcha. Sin embargo, a poco andar, el ministro debió hacerse cargo de la decisión de Piñera de endurecer la postura del gobierno en las negociaciones, sobre todo, por la mantención de los bloqueos y los hechos de violencia en la zona.
Entre quienes participaron de las tratativas, sin embargo, a los pocos días comenzó a cuestionarse dicho rol. Alvarez -a diferencia de Alvarado- no había generado vínculos con los dirigentes, lo que terminó por originar una distancia insalvable.
Sobre el subsecretario recayeron los contactos informales con los líderes del movimiento, varios de los cuales se realizaron en las cabañas "La Pasarela", en Coyhaique, lugar en el que Alvarado alojaba.
En La Moneda coinciden en que un punto de inflexión del conflicto fue el jueves 8, cuando Alvarez -en una de las reuniones- abordó la posibilidad de instalar una zona franca en la región. Aunque cercanos al ministro sostienen que éste sólo se abrió a abrir un debate sobre el tema, los dirigentes y parlamentarios presentes asumieron el mensaje como una promesa del gobierno. Así, al momento en que Alvarez debió salir a precisar sus palabras, recibió fuertes manifestaciones de rechazo. Desde ahí, las tratativas fueron tensionándose cada vez más.
El clima hostil terminó por generar desencuentros entre ministro y subsecretario: el viernes 9, ambos se enfrascaron en una discusión, luego de que Alvarado le recomendara a Alvarez abandonar la intendencia, donde el secretario de Estado esperaba la reanudación de las negociaciones. Alvarez se negó, argumentando que podría ser interpretado como que "arrancaba" de las manifestaciones. Horas después, sin embargo, debió salir escoltado por la policía y en medio de una lluvia de piedrazos. Poco más tarde se instruiría su regreso a Santiago.
Altas fuentes de gobierno aseguran que ese mismo día, el Presidente Sebastián Piñera analizó con los ministros del comité político la posibilidad de marginar a Alvarez de las negociaciones. El diseño finalmente se desechó, para evitar costos a la imagen del titular de Energía.