Trabajó durante el gobierno de Eduardo Frei Ruiz-Tagle como subsecretario de Economía y en 2001 postuló a la Cámara Baja, siendo derrotado por su compañero de lista Pedro Muñoz (PS)
Desde los años en que era estudiante, el recientemente nombrado jefe de gabinete del ministro del Interior, Edmundo Pérez Yoma, el magallánico Carlos Mladinic, está ligado a la Democracia Cristiana (DC), llegando incluso a convertirse en presidente regional de la colectividad a principios de la década del ochenta.
Falangista de “tomo y lomo” y “freísta” de corazón, Mladinic ha tenido la posibilidad de tener importantes cargos en gobiernos de la Concertación. La mayoría, durante el tiempo en que el actual candidato único del oficialismo para las próximas elecciones presidenciales, Eduardo Frei Ruiz-Tagle, era quien dirigía el país. En 1994, Mladinic  asumió como subsecretario del ministro de Economía, Álvaro García, y dos años más tarde como ministro de Agricultura. Entre 1999 y 2000, asumió como ministro secretario general de Gobierno.
En 2001, intentó representar al Distrito 60 en la Cámara Alta, pero fue “derrotado” por su compañero de lista, el socialista Pedro Muñoz.
De regreso al Gobierno
Con vasta trayectoria en cargos gubernamentales, Mladinic sabe muy bien cómo se debe dirigir el trabajo. Y justo en plena campaña electoral, donde Frei necesita más que nunca ganar votos, llega nuevamente a La Moneda. ¿Quién mejor que Mladinic para trabajar por Frei al interior del palacio presidencial?  
Aun cuando niega tener algún nexo con el comando de Frei Ruiz-Tagle, su amistad y confianza es innegable.
Cuando Mladinic fue el presidente del Sistema de Empresas Públicas, en el período de Frei, efectuó los procesos de licitación de las empresas sanitarias en el sur del país entre ellos el de Esmag.