El director de la entidad, Jorge Flies, planteó que la cifra está por debajo del nivel nacional, pero de todas maneras estresará el funcionamiento del sistema. 
Un informe sobre el estado de endeudamiento de los servicios de Salud del país, entregado por el ministerio del ramo a petición de la senadora Soledad Alvear, reveló que la deuda hospitalaria nacional acumulada al 31 de agosto alcanza a los 61 mil 594 millones de pesos.
El ranking de los establecimientos con deuda superior a los mil millones de pesos corresponde a 21, entre los cuales se encuentran: el Sótero del Río con $ 4 mil 494 millones; el San José con $ 4 mil 234 millones; el Gustavo Fricke con $ 3 mil 657 millones, el de Temuco
$ 3 mil 44 millones, el Barros Luco Trudeau con $ 2mil 630 millones; de Antofagasta con $ 2 mil 579 millones de pesos; de Iquique con $ 2 mil 513 millones; de Higueras con $ 2 mil 464 millones y de Talca con $ 2 mil 36 millones, entre otros.
Si bien la situación de Magallanes no se compara con la de otros servicios del país, donde las deudas superan los cuatro mil millones de pesos, el Servicio de Salud Magallanes también vio incrementado sus niveles de endeudamiento en comparación con años anteriores.  
El director del Servicio de Salud, Jorge Flies, explicó que “en el cierre del presupuesto 2009, como es conocido por la comunidad, a nivel nacional hay un importante nivel de deuda en el sector y el servicio de salud regional está planteando cerrar con una deuda operativa de alrededor de los mil millones de pesos de aquí a diciembre, cifra que está por debajo del nivel país, pero de todas maneras igual nos estresa en el funcionamiento”.
Entre las causas que explican el aumento del endeudamiento están un ajuste realizado a nivel nacional en el presupuesto para enfrentar la pandemia de influenza humana, el aumento en el valor de los medicamentos y la crisis financiera que tuvo repercusiones en el país, entre otras.
Flies indicó que “la deuda está generada por compras a crédito y no es deuda vencida. Lo importante es cuánto de esa deuda termina venciéndose y muy poca del servicio va a estar vencida, o sea, va a estar en una gestión de crédito. Lo que pasa es que el crédito que vamos a tener va a ser más alto que el habitual”.
El facultativo explicó que habitualmente el servicio genera un sistema de crédito, de $ 600 millones, pero “ahora vamos a llegar a una deuda o un sistema de gestión de crédito de mil millones, lo cual obviamente nos va a tener un poco más presionados. La gestión de los recursos, la compra en forma excepcional o los adelantos de producción son elementos que se limitan cuando uno está funcionando con ese nivel de deuda”, sostuvo.