En cinco meses las autoridades han tenido que enfrentar dos importantes conflictos, debiendo intervenir la Subsecretaría de Pesca, desde el nivel central, para tranquilizar las aguas.
A sólo cinco meses de que asumieran las nuevas autoridades regionales, encabezadas por la intendenta Liliana Kusanovic, éstas han tenido que hacer frente a más de un conflicto con el sector de la pesca artesanal, los cuales han debido ser resueltos desde el nivel central.
El primero de ellos ocurrió en abril de este año,  cuando los pescadores amenazaban con tomarse la ruta ante la cesantía y difícil situación económica por la que atravesaban las familias. Es más, el 19 de abril de 2010 la Corepa Magallanes, junto con el Sindicato de Trabajadores de Plantas Pesqueras y al Sindicato de Buzos Mariscadores y Pescadores entregaron un petitorio a la intendenta donde solicitaban, entre otras cosas, un programa de amortización de créditos con los bancos y financieras, ya que muchos de ellos estaban en riesgo de perder sus casas y sus embarcaciones, también pedían una subvención al impuesto específico del combustible y concretar el programa de ordenamiento del registro pesquero, para no depender de la pesca de investigación para obtener sus registros y daban como plazo el 23 de ese mes.
En la ocasión tuvo que intervenir el subsecretario de Pesca, Pablo Galilea, quien desde un principio aclaró que habían algunas demandas específicas de los pescadores que estaban fuera del ámbito de competencia de la subsecretaría. “Me refiero al tema de la renegociación con la banca, las becas, la vivienda y la ampliación de la Ley Navarino. Estos no son temas propios de la cartera de pesca”, precisó. Pese a ello y después de sostener dos importantes reuniones con los distintos gremios el conflicto fue depuesto. Antes de que la autoridad retornara a Santiago señaló: “Nos llevamos tareas y  plazos muy concretos, respecto de una serie de materias que nos han presentado, pero lo más importante es que estamos preparando un proyecto de ley de pesca artesanal que va a abordar las materias que son más de fondo”, precisó
El proyecto de ley que modifica la actual normativa vigente fue aprobado por la Cámara de Diputados y  entre sus artículos se encuentra la transferencia rápida y expedita de concesiones acuícolas, la creación de barrios productivos, altas sanciones para quien no cumpla las normativas ambientales y sanitarias, el estudio de un nuevo estatuto de trabajo específico para los trabajadores de la industria del salmón, y la posibilidad de las empresas de dejar en garantía sus concesiones con los bancos. Actualmente es discutido por el senado quien ha expresado su voluntad legislar en la materia.