
El otro motivo obedece a un interés personal de retomar el mundo de la academia y en particular el área de la investigación, lo que se posibilita con la razón principal del alejamiento transitorio de Aguilera de la Conadi, ya que pasará en comisión de servicio a la Universidad de Magallanes, para hacerse cargo de la dirección del Programa Pueblos Originarios y Evolución en Magallanes, que se ha implementado en el Instituto de la Patagonia a partir de la firma de un convenio con la Comunidad Kawésqar de Puerto Edén para preservar su cultura.
Nelson Aguilera valoró la trascendencia de este nuevo trabajo, ya que “me voy a ese programa en circunstancias que hay un reconocimiento explícito de la autoridad y de la institucionalidad universitaria a la experiencia, de parte del director nacional de Conadi hay un respaldo absoluto, pero fundamentalmente hay algo muy fuerte para mi, que tiene que ver con que la comunidad kawésqar ha propuesto mi nombre para dirigir este programa y ante eso, mi capacidad de optar, en términos morales, se redujo significativamente porque se abrió la posibilidad de hacer una acción de rescate concreta y real sobre una comunidad que ha estado en un proceso de desaparición física y cultural evidente”.